Le Black Watch nous fait part de son enquête dans une vidéo classée top-secret.
Alors que le teaser laissait présager une bande-annonce très dynamique, nous découvrons plutôt une vidéo qui fait le point sur l'histoire de Prototype 2 et l'héritage de son prédécesseur. Ainsi, à travers des séquences récoltées par le Black Watch, l'organisation gouvernementale antiterroriste biologique aux méthodes controversées, nous pouvons bénéficier d'un long rappel des grandes lignes de l'histoire du terroriste Alex Mercer, de l'origine de ses pouvoirs et de la source du mal qui ronge New York.
Désormais, quatorze mois plus tard, la ville est scindée en trois parties, l'une sûre, l'autre en quarantaine, et la dernière totalement délaissée et en plein chaos, là où vit tranquillement Mercer. Lors d'une opération visant à déloger notre ancien héros, tous les soldats ont été vaincus, sauf un, James Heller, qui possède désormais les mêmes pouvoirs que le tueur de sa fille et sa femme, pouvoirs obtenus alors qu'il allait passer de vie à trépas. Le Black Watch chasse désormais son sergent qui agit sans se soucier des conséquences dans le simple but d'éliminer celui qui est à la fois notre sauveur et la cause de nos malheurs.
