La coopération entre joueurs sera essentielle.
Lors de son annonce, 1000 Pokémon and the Thieves était resté assez évasif sur son système de jeu, mais répare cet oubli aujourd'hui. Le jeu 3DS, qui sera disponible gratuitement via l'eShop au Japon du 5 juin au 30 septembre, nous demander de choisir un Pokémon en tant que leader. Nous pourrons changer la créature contrôlée à notre guise via l'écran tactile, ou les boutons A, X et Y.
Le leader des joueurs que nous croisons via StreetPass nous sera aussi automatiquement octroyé, la meilleure manière d'agrandir son équipe. Il sera aussi possible d'acheter des Pokémon avec des pièces en jeu, mais nous n'aurons alors la possibilité de nous offrir que ceux qui sont compatibles avec notre leader. Il sera ainsi très important de gérer le nombre de monstres engagés en combat : nous devrons à chaque affrontement choisir le nombre de créatures alignées, mais vu que chaque Pokémon n'est capable de lancer qu'une attaque avant de disparaître, abuser d'eux contre un adversaire faible fera que nous n'aurons plus assez de ressources contre les ennemis plus forts.
À part ça, l'objectif du jeu sera de récupérer un trésor volé par Marilyn et Riot, possesseurs d'un Amphinobi et d'un Goupelin. À noter qu'il sera possible d'éviter les affrontements en contournant nos adversaires, mais si nous sommes repérés, un combat s'enclenchera.